1. 花蓮港碼頭船席調配作業須知
2. 商港通行證申請及使用須知
3. 花蓮港務局拖船調派原則表
4. 花蓮港船舶進出港作業服務指南(中英文版)
5. 船舶在港小修申請單
6. 花蓮港務局港區燒焊作業許可申辦須知
7. 花蓮港環境汙染罰責
8. 港工許可申請書
9. 花蓮港窄航道警示燈通行注意事項
10. 貨車進出花蓮港超載稽查要點
11. 花蓮港港口業務協調會報作業要點
12. 花蓮國際商港港區管制注意事項
13. 花蓮港船舶貨物承攬業管理手冊
14. 交通部花蓮港務局商港設施出租暨投資合作興建作業要點
15. 花蓮港船舶帶解纜作業管理要點
16. 花蓮港務局船舶給水作業須知
17. 花蓮港務局港勤拖船及交通船申請作業要點
18. 花蓮港船舶帶解纜作業流程
19. 花蓮港國際郵輪旅客通關服務標準作業流程

港務組

1. 花蓮港務局棧埠裝卸民營公司作業要點

棧埠處

1. 研究發展工作作業規定
2. 以走路或騎腳踏車取代開車實施計畫
3. 出納作業手冊
4. 交通部花蓮港務局節約用紙規定
5. 受理民眾申請閱覽政府資訊或卷宗作業要點
6. 花蓮港務局公務車輛及司機管理作業程序
7. 花蓮港務局局長與民有約執行計畫
8. 花蓮港務局宿舍管理作業程序
9. 花蓮港務局節約能源措施
10. 交通部花蓮港務局經管國有公用被占用不動產清查及處理計畫
11. 交通部花蓮港務局會議場地及臨時展示區出租使用規定
12. 交通部花蓮港務局房地被占用借用逾期之處理標準化作業程序
13. 交通部花蓮港務局經管房地清查頻率及巡查計畫
14. 花蓮港務局會議室使用管理須知
15. 花蓮港務局加強新聞發佈暨聯繫作業要點

秘書室

1. 交通部花蓮港務局性騷擾防制申訴調查及懲戒處理要點
2. 交通部花蓮港務局約聘（僱）人員成績考核要點
3. 交通部花蓮港務局無資位人員年終成績考核要點
4. 交通部花蓮港務局升遷考核作業要點
5. 交通部花蓮港務局升遷考核評分標準表
6. 交通部花蓮港務局未涉及國家安全機密人員申請進入大陸地區作業規範
7. 交通部花蓮港務局超時工作加班費報支管制定事項
8. 交通部花蓮港務局志願服務實施要點
9. 交通部花蓮港務局具有特殊貢獻績優員工獎勵要點
10. 交通部花蓮港務局法律顧問遴聘要點
11. 交通部花蓮港務局辦理進用約聘僱人員公開甄選作業要點

人事室

1. 花蓮港在港船舶廚房及船員住艙垃圾收運申請作業須知
2. 花蓮港泊港船舶清潔、污染防治須知
3. 花蓮港務局船舶裝卸貨物遺留一般廢棄物清除作業要點
4. 花蓮港船舶含油廢棄物清除作業要點
5. 花蓮港港區環境清潔維護要點

1. 花蓮港務局網路使用規定說明
2. 花蓮港務局可攜式資訊設備安全管理規定
3. 花蓮港務局資訊安全管理規範
4. 花蓮港務局資訊業務委外處理安全管理規定
5. 花蓮港務局資通安全基本防範措施
6. 花蓮港務局電腦軟體管理作業要點
7. 花蓮港務局防毒及防止駭客入侵注意事項
8. 花蓮港務局資訊作業緊急應變計畫

1. 花蓮港務局工程、財物暨勞務採購作業要點

1. 台東-富岡-籣嶼危險品裝載檢查機制
2. 台東地區離島客輪海難救護聯繫須知
3. 花蓮港不適用強制引水辦法
4. 和平港不適用強制引水辦法
5. 花蓮港各類型工作船公務船多次進出港簽證作業要點

1. 花蓮港務局推動企業誠信及倫理實施計畫
2. 交通部花蓮港務局資訊使用管理稽核實施計畫
3. 花蓮港務局執行國家廉政建設行動方案實施計畫
4. 花蓮港務局政風督導小組設置要點
5. 花蓮港務局辦理主管機密項目應行注意事項